歌剧开始后荒木扮演的工藤新一就在小兰和园子边上睡着了，柯南则用黑科技眼睛调到红外夜视模式，找到了跑进来向他打招呼的怪盗基德版工藤新一，赶紧追了出去。
跟丢了的柯南一头撞在一个胖警卫身上被反弹回去，胖警卫一点都不为小朋友撞到自己而恼怒，还关心的问小朋友有没有事，此时又过来一个瘦高的警卫询问发生什么情况，便把发生的事情跟他说了。
柯南一眼就看出这个警卫的警棍长度超标了，就指出对方的警棍长度比胖警卫的长，正当瘦警卫狡辩的时候，柯南搬出各府县公安委员会对警棍的参数规定，“长度在60公分以下，直接在3公分以下，重量在320克以下”
瘦警卫的警棍明显长度超标了，基德也不装了，摁开了伪装成警棍的闪光弹，差点亮瞎胖警卫和柯南的狗眼，就跑向天台
舞台上，随着表演谢幕，毛利小五郎和中森银三等警察假扮的群演直接扑向了牧树里小姐旁边的凯撒扮演者新庄先生。
直接表演了个男上加男，满身大汉。在经过中森警官魔爪确定了凯撒并不是基德假扮的时候，小五郎也麻爪了。
瘦警卫跑到了天台上等待着，柯南不久也到了天台“游戏结束了，你这个小偷！”
“跟你玩躲猫猫，这个天色也太暗了些”瘦警卫说完就撕掉了伪装变回怪盗基德标准套装。
“是不是呀，大侦探？”
“你也只有现在还能能够说大话了”柯南蹲下激活了足力增强鞋“我们现在也该做个了断了”
怪盗基德压了下帽子，“是呀，你的情人已经做好晚饭等你回去吃了”
此时背后传来小兰的声音“柯南！？”
惊得柯南回头看向楼梯处
“晚餐做好咯！”
并没有人，
原来是怪盗基德变声
“你再不过来我要吃光咯？！”
说完基德用扑克枪打了一张牌过去，柯南起跳多来激活腰间的隐藏足球皮带放出一个足球后踢向基德，被基德歪头躲开并还击了一发扑克牌。
怪盗基德的扑克枪打得柯南四处乱窜，“今天总算能分出个高下了，大侦探！”
“是啊，说得也是”柯南在栏杆边上回应道
两人对峙的时候，柯南紧张的舔了下嘴唇，so，柯南你有进化成大蛇丸的潜力呀，用舌头洗脸
随着一发扑克牌飞来，柯南矮身躲开嵌入金属栏杆的扑克牌，大声尖叫着背着“书包”假装摔出天台。
不知道是计的快斗赶紧吸上特制腰带冲向天台边朝着柯南就跳了下去，而跳下去的柯南并没有再大喊大叫，一直盯着基德的走位在基德靠近的时候用麻醉手表打了一针过去，被快斗一个歪头险而又险的躲过。
见到诱敌失败，柯南激活了“书包”里的阿笠博士特制滑翔伞。
也难怪柯南紧张的用舌头洗脸，高楼跳伞是极其危险的行为更何况还要抓住快斗两人一起降落，更是险而又险。本同人第五章的时候提到2004年澳大利亚低空跳伞专家在金茂大厦345米起跳，未能第一时间开伞，摔成重伤。
而剧场版《银翼的魔术师》也是2004年，不得不说是不是故意的。
也不知道博士的特制滑翔伞是通过什么原理能够追上同样是自己制作的滑翔翼的，这就非常不科学，最终，怪盗基德利用轻轨降落在上面骗柯南放弃滑翔伞，然后再用机关重新返回滑翔翼脱离。
就在他们空中你追我赶的时候，荒木假扮的工藤新一正在请毛利兰在同一个大厦的高级餐厅里吃夜宵并且送了小兰一个蓝水晶戒指，“不贵但很美，你试试看”
或许在柯南看来，被伪装成工藤新一的人偷家不算偷对吧。
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毛利小五郎一家子被牧树里邀请一起坐飞机去北海道函馆她的私人别墅里庆祝巡回演出的成功谢幕，虽然没有抓到怪盗基德，但宝石安然无恙就是成功的，当然他们不会告诉大侦探，宝石是高仿的。
少年白给团几个小鬼还在讨论这个雷雨天降落会不会被雷劈，如你所愿，荒木已经在思考待会的剧本了。
昨天晚上，荒木假扮的工藤新一送小兰到事务所后就分别了，毕竟“自己手头还有非常棘手的案子要处理”
这顿操作看的三楼偷看的柯南一脸懵逼，这个神秘人假扮成我到底想干什么？！
可惜这个世界的霓虹也是属于准快乐教育，否则临别的馈赠肯定包括一套寒暑假作业和各种教辅材料，让柯南弥补下缺失的童年。
东京羽田机场，荒木本尊今天跟着穿休闲服的伏特加也订了同一个航班去北海道玩，当然做的是经济舱。
看到对面一行人在本剧场的版的死者牧树里和凶手酒井也到了就凭着头等舱的优先登机特权直接进入了头等舱。
在函馆的树里别庄，中森警官已经提前埋伏在这里了，据他对基德的了解，没有拿到宝石的基德肯定会在这里下手。
正在安排几组人员埋伏的时候，别墅里亮起了灯光，假扮成基德的新庄先生的身影显露了出来。
天空联盟日本航空SKJ865班机是一架波音747-400型巨型客机。
最初，波音747设计了两个完整的乘客甲板，就像空客A-380一样。但是，在探讨如何快速撤离乘客时出现了问题。根据规范，当客机紧急迫降后，所有乘客应当在90秒内全部离开客机。以当时的技术和设计无法实现这样的要求，因此波音取消了完全双层设计，只保留了机身前部的双层结构。所以，波音747客机获得了独特的驼背外观。
尽管波音747是应泛美航空的要求研制的，但当时人们普遍认为这种缓慢的大型客机将很快被超音速客机所取代。所以，在研制波音747的最初阶段，就考虑到将其改装成货机的可能性。机身前部的上层座舱依旧保留，但下层甲板均改为货舱，这样可以增加运输货物的能力。
而小兰他们乘坐的头等舱就在“驼背”的第二层乘客甲板里，同飞机控制室一起。
除了巨大的尺寸之外，波音747还提供了更好的舒适性和运输效率，并将安全性提升到全新的高度。许多系统都有多重冗余，有四套液压系统，确保遭遇意外时，机组仍然可以控制飞机。波音747采用四个主起落架，当两个主起落架故障时，仍然可以满足降落的需要。即使一台发动机停车，波音747可以用其余的三台发动机继续飞往目的地。
当然，由于巨大的承载能力，波音747不仅创造了单次最大运输记录。
1991年5月，以色列紧急撤离了埃塞俄比亚的埃塞俄比亚犹太人。36小时内，共运走人，34架飞机完成了41架次，这就是所谓的“所罗门行动”。尽管波音747最多载客数为480人，但有一架波音747曾一次运送了1122人，全靠这些埃塞俄比亚犹太人个个骨瘦如柴且没有行李。在“所罗门行动”中，还有两名婴儿出生。
同时，波音747还保持了一次空难丧生人数最高的世界纪录。1977年3月27日，两架波音747客机在特内里费岛相撞。造成这场空难的因素非常复杂：当地发生恐怖袭击；洛斯策斯机场超负荷运行；复杂的天气情况；飞行员与空管之间沟通出现问题；一个机组出现操作失误，最终造成583人丧生。
1985年8月12日，波音747SR-46发生单一飞机空难死伤人数最多的事故。该机在发生事故七年前进行过维修，但维修方式不符合安全要求，在接下来的数年飞行中，给机身造成了金属疲劳。飞行过程中，垂直尾翼完全脱落，并造成水平尾翼损坏。机组试图控制几乎无法拯救的飞机，最终飞机撞山，造成520人丧生。
现在这种四引擎飞机除了空客A380外，新飞机基本上都是双引擎飞机，因为航空发动机技术的进步，使得双发飞机一个发动机失效的情况下，通过一个发动机也能进行紧急降落，自然没必要维持4台发动机，而历史上3台发动机的机型恰恰是最不安全的机型。
并且发动机少了，燃油效率也更高了。
铺垫了这么多，本剧场版的自然是主打着空难来的。
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在飞机起飞达到一定高度后，乘客舱进行加压，由于压力变化，会引起人体不适，可以通过做吞咽动作、咀嚼口香糖、喝水、按摩、使用药物等方式来缓解。
而剧场版里则通过擤鼻涕来解决。没想到本剧场版的死者牧树里小姐也是用这么粗鄙的方式，在因为化妆品里掺入了氰化物，引起了身体不适的情况下，又用手擤鼻涕。（氰化物毒素可以从皮肤吸收中毒所以会引起不适）
在达到巡航高度时，机内讯号提示可以解开安全带同时洗手间可以使用，
在牧树里准备去洗手间的时候，被坐在旁边躲妃英理的小五郎拦住索要“绝版签名”，在签字后，发现洗手间已经被占用。
只好等，此时头等舱已经开始分发甜点，询问头等舱的乘客要日式还是西式甜点，小五郎果断要了啤酒和下酒菜。
在洗手间里面的人出来，牧树里正起身的时候，被另一个男性剧团成员她的前夫给抢先了，人际关系不好，上厕所都不女士优先了，牧树里想去后面的洗手间却发现也有人刚刚进去。只好叹气坐下等待。
前夫出来后赶紧进去洗手间，然后又立刻出来了，进出速度非常快，也不知道进去干了什么，引起了柯南的好奇。
本次航班的机长因为前一晚孩子发烧没休息好，叫了杯咖啡进来，而牧树里也趁舱门打开的时候进入。
面对空服人员的阻拦，机长看见是老同学，就让她不要阻拦，这个行为可是严重违反航空安全条例的，因为自2001年911事件后，各航司都修订了安全条例，驾驶舱这种地方自然是不允许外人进入的，否则一个劫机就完蛋了。
在机长的介绍下，原来牧树里小姐也曾经是航校空乘专业的，也曾经是空服人员，飞机里的两个正负机长都是7年前的老熟人。
在打过招呼，非常臭美的让两个正副机长行了吻手礼。
回来后刚好经纪拿来了她最爱吃的巧克力，在简单挑选后拿了一颗吃下并且舔了手指后迅速毒发身亡，死前的姿势像极了歌剧《约瑟芬》里她最后一个动作。
在推测可能巧克力里下毒的时候，同样吃了巧克力的小五郎直接吓得变绿了（如图）
剧场版《银翼的魔术师》53分12秒
在安置好遗体和保持案发现场让头等舱的其他乘客都坐到头等舱尾部，巧得很，头等舱里一个外人都没有。
就在小五郎第一次推理错误的时候，可能大仇得报，又看见小五郎名不副实后心情放松，真凶化妆师酒井小姐出来自曝，说表演团里所有人都有杀人动机。
而元太吃完点心舔手指的行为让柯南想到了死者也有同样的习惯，这下怎么下毒的就知道了。
在引起所有人注意不存在的东西时，柯南对着小五郎就是一剂麻醉针，恰巧遇到飞机转向机动，两人站立不稳，打中了妃英理。
于是柯南只好用并不熟练的妃英理的声线进行推理，第一次还不小心调成了园子的声音。
在柯南慢慢推理的时候，驾驶舱的两个飞行员也起反应开始觉得胸闷了。
在冗长的推理最后，“妃英理”指出对方的证据也就是加了毒药的粉扑和粉底盒应该通过机场的邮局寄到自己家里了，这一击直接让酒井夏树破防了，然后开始坦白自己的作案动机和与死者的私人恩怨。
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