在之前朱载坖已经命令军器监将已经生产好的相关武器装备和口粮等物资尽快发运到西域，希望能够帮助到李成梁，除了这些物资上的帮助之外，朱载坖还准备通过外交处理这各问题，朱载坖命令加张学颜兵部尚书衔，为钦差特使，出使顺义王，希望通过外交的形式来处理西域的问题。
因为现在卫拉特四部中信仰格鲁派的人很多，尤其是这些上层台吉们，他们之中的很多人都是信奉格鲁派的，从前元起，受中原地区影响，蒙古地区信奉佛教。元代自忽必烈开始，由西藏传入红帽派喇嘛教，主要传播于上层贵族。但萨满教在蒙古民间和贵族中仍有影响。大明建立之后，瓦剌出于政治考量崇尚喇嘛教。而到了现在，格鲁派喇嘛教在蒙古地区迅速扩展，不仅仅是土默特部、土蛮等部信奉格鲁派，和硕特部也信奉格鲁派。
而在之前的索南加措去世之后，继任他活佛和朵儿只唱称号的是云丹嘉措，这位的身份可是极为尊贵的，生于蒙古土默特部，父名苏密尔台吉，是顺义王俺答汗之曾孙。其母名拜罕·珠拉，是成吉思汗之弟哈撒尔十世孙诺诺·卫征诺颜之女。而他的祖父就是俺答汗的长子辛爱黄台吉，父母都具有黄金血脉，当真是贵不可言。
他在被被认定为三世达赖喇嘛的转世灵童以后，取法名云丹嘉措。这位活佛既是格鲁派的宗教领袖，更是蒙古黄金血脉的所有者，其身份之尊贵，可想而知，他在出生后先由土默特部王公贵族及三世达赖喇嘛的管家楚臣嘉措等认为是三世达赖喇嘛索南嘉措的转世灵童，由班觉嘉措写信给乌斯藏和大明朝廷，叙述他的灵异情状，请求派代表前来查访。
而经过朝廷缜密的程序和金瓶掣签之后，确定了他活佛转世灵童的身份，然后再朝廷钦差和蒙古、乌斯藏的代表共同见证之下，具本朱载坖，确认其转世灵童的身份，由朱载坖亲自下旨予以明确，为了确认他转世灵童的身份，乌斯藏派出索南嘉措的强佐贝丹嘉措及帕木竹巴政权首领的代表等人率甘丹、哲蚌、色拉三大寺僧众代表前去蒙古核查及迎请，临行时卸任甘丹赤巴班觉嘉措以格鲁派年龄最大的僧人的名义，给灵童起名为云丹嘉措，表明已经确认了灵童的地位。
但是由于活佛现在年纪尚小，朱载坖特旨命令暂留土默特部，着顺义王和忠顺夫人予以照看，所以这次朱载坖这次才派出张学颜为钦差出使土默特部，希望利用土默特部通过外交的方式来解决大明在西域的战事。尤其是土默特部和和硕特部的关系是非同寻常的，虽然大明现在是要打和硕特部并且将其逐出乌鲁木齐地区，但是并不意味着要与和硕特部不死不休。
而正相反的是，朱载坖认为和硕特部是大明在西域潜在和盟友，首先在卫拉特蒙古四部之中，只有和硕特部并不是原来的瓦剌部出身，和硕特部和土默特部一样，同出于成吉思汗的孛儿只斤氏，和其余三部出身了绰罗斯氏是不同的，而且和硕特部同样信奉格鲁派，和土默特部既是同宗同源，又是信仰一致，所以之前俺答汗才会支持和硕特部成为卫拉特之主的。
但是和硕特部和其余三部的矛盾是极大的，主要就是以土默特部、土蛮部、和硕特部为首的东蒙古鞑靼部和绰罗斯瓦剌部的矛盾，从洪武二十一年起，双方就因为汗位的归属问题大打出手，东蒙古各部仍旧以忽必烈的后代为大汗的正朔，而瓦剌等部则是支持阿里不哥的后代，双方几经交战，汗位又回到忽必烈系额勒伯克汗手中，瓦剌封建主和阿里不哥后裔为夺回汗位，于是有瓦剌领主乌格齐哈什哈以可汗政治腐败、杀弟夺妃为由，于洪武二十七年举兵弑汗，并扶持阿里不哥后裔坤帖木儿继承汗位，瓦剌由此掌握蒙古实权。
从此之后，所谓蒙古大汗的权威就不复存在了，即便是后来的蒙古大汗，也很难号令整个蒙古诸部了，知道瓦剌部的脱欢和也先父子，他们即太师位后，继续联合东蒙古大汗脱脱不花，拉拢或征服周围诸侯，并以兀良哈三卫和沙州等卫为左右翼伺机包围中原。同时以联姻、封爵间或武力压制等手段拉拢人心、控制西陲要道哈密，联结哈密以东的沙州、罕东、赤斤蒙古诸卫，控制西域贸易要道。向西也先多次与察合台后王作战，迫使其部落迁徙。而瓦剌北部的乞儿吉思时而臣属东蒙古，时而从属瓦剌。瓦剌联合东西，巩固两翼的策略瓦解了太祖、成祖时为牵制蒙古而设置的西北诸卫和东北兀良哈三卫，声威大震。
但是也将瓦剌和鞑靼的矛盾激化到了不可调和的状态，也先本就与脱脱不花向不相睦。脱脱不花名义上虽然是大汗，但实际权力却操在也先手里。也先自恃势强，垂涎汗位，脱脱不花的妻子是也先的姐姐，也先想要立自己姐姐的儿子为太子，但是脱脱不花拒绝了，双方发生激烈战争。也先也怀疑脱脱不花和明朝相通，想要谋杀自己，所以进攻脱脱不花。脱脱不花战败逃走，也先派兵追杀他，捉拿了脱脱不花的妻子和孩子，把他的仆人和牲畜分发给诸部属；而且乘胜迫胁周围的各个部落，东到建州、兀良哈，西到赤斤蒙古、哈密，都成了瓦剌的藩属，瓦剌的势力由此达到最盛。
而也先则干脆打破了只有黄金血脉才能够继承蒙古大汗的惯例，自称“大元田盛大可汗”，建号“添元”，以次子阿失帖木儿为太师，这导致了整个蒙古的反抗，阿剌知院在袭杀也先的时候，阿剌便率部众三万人直趋也先居所，历数也先三罪：“汉儿人血在汝身上、脱脱不花王血也在汝身上、兀良哈人血也在汝身上，天道好还，今日轮到汝死矣！”
对于也先僭号一事，整个东蒙古视瓦剌为生死仇敌，不共戴天，所以从小王子开始，历代东蒙古大汗，只要统一了东蒙古，第一件事就是征讨瓦剌。
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