对于官职的调整，其实是朱载坖一直就想实施的，但是之前一直都没有付诸于实施，一来是之前的朝廷事情很多，并不适合进行大规模政治政治体制的改革，毕竟对于政治体制的改革，还是需要相对比较稳定的内外环境，二来就是朱载坖本人也并没有思考清楚应该怎么进行改革。
经过在西苑的思考，朱载坖决定进行一系列的改革，朱载坖为此首先是和太子予以商量，朱翊釴也能够理解朱载坖要进行改革的想法，现在六部权力过于集中，很多事情无法推动，而且一些衙门之间错综复杂的管理关系也使得朝廷中枢无法高效率的运转。
大明从地方到中枢的行政体制，确实是应该予以改革了，不过朱载坖父子也很清楚，事关政治体制，所进行的任何改革都是要极为谨慎的，朱载坖之所以选择在这个时候进行政治上尤其是在进行朝廷内外官制的改革，是经过深思熟虑的，现在朝廷没有财政问题，边疆虽然有战事，但是并不影响整个大明的稳定，在现在的情况下，朱载坖本人还是对于整个朝廷有很强的控制能力，朱翊釴也熟悉政务了，父子两人对于朝廷的控制能力还是很强的。
现在朱载坖在幕后，朱翊釴在台前控制，这样有什么差错也有寰转的余地，在这种情况之下，朱载坖和朱翊釴开始召见内阁辅臣，商讨有关官制改革的事情，对于此事内阁也是非常之慎重的，因为官制的改革涉及到朝廷的方方面面，牵一发而动全身，这点内阁辅臣是很清楚的。
申时行也意识到，现在朝廷的官制确实是无法适应大明的实际情况了，现在朝廷和地方官府要管的事情千头万绪，仅靠原本大明的这些官署确实是无法胜任了，但是要改革，应当怎么改革，先从何处入手，这也是很重要的事情。
在经过朱载坖父子和内阁辅臣们的商量之后，决定以司法作为改革的第一步，因为这是从中央到地方现在都比较头疼的事情，司法刑名对于大明的州县官员来说是极为痛苦的事情，随着经济的发展，各类案件层出不穷，虽然朱载坖之前的改革已经将州县正印从案件审理中解脱了出来，但是地方州县的案件数量激增，州县推官疲于应付，也是实情。
还有就是各种京控案件也不断增加，三法司也是很痛苦的，对于司法官署的改革早就有呼声了，这是大明现在上下的共同意见，就是原本的司法体制已经不能再适应现在的情况了，而且司法机关的改革相对专业，波及面小，但是能够起到以点带面的作用，因为整个司法机关的建制是贯穿于朝廷的各级官署的，所以要通过对于司法机关的改革在朝廷中枢各地方各级官府中撬动改革。
这点朱载坖还是很认可的，之前对于司法体制的改革确实是只能够算作小幅度的调整，现在朝廷应该对于司法机构予以大规模的改革的，首先自然就是在朝廷中枢的三法司改革，朱载坖提出的第一个问题就是三法司的地位问题，看似三法司都是朝廷的司法机关，但是之前他们的地位并不相等。
从权力上来说，都察院显然是最大的，毕竟作为监察机关，都察院不仅可以对刑部、大理寺的官员和案件审理进行监察，同时可以直接就案件上达天听，而在具体案件的处理上，刑部的权力则是最大的，刑部分理各省刑案及专项事务，就职权而言，刑部的权力是相对很重的：“掌天下刑罚之政令，以赞上正万民。凡律例轻重之适，听断出入之孚，决宥缓速之宜，赃罚追贷之数，各司以达于部。尚书侍郎率其属以定议，大事上之，小事则行，以肃邦犯。”
而大理寺首先在品级上就不如刑部和都察院，毕竟前两者是正二品衙门，而大理寺是正三品衙门，不仅仅在品级上相对较低，在职权上也受到极大的限制，按照职权，大理寺主要是复审机关，大理寺专门负责审核犯罪案件，凡罪有出入者，依律照驳；事有冤枉者，查明详情，务必刑罪相符，不冤枉无辜。凡刑部、五军都督府所办之案与都察院参与合办之狱讼，都须将案牍与囚徒送至大理寺复审，按律例复问其款状，情罪都属实后才呈堂准拟具奏，否则驳令改拟，曰照驳。
三拟不当，则纠问官，曰参驳。凡与律例严重抵触的，可调他司再审讯，组织九卿会讯。如屡驳不合，则请旨发落。凡未经大理寺评允，诸司都不能定案发遣，有错误则纠察之。大理寺审理案件，初期置有刑具和牢狱。弘治以后，只阅案卷，囚徒多不到寺。重大案件，由三法司会审，初审以刑部、都察院为主，复审以大理寺为主。
但是在实际的司法实践当中，大理寺很难有效的履行职务，太祖皇帝是很重视大理寺的，他曾经说过：“大理之卿，即古之廷尉，历代任斯职者，独汉称张释之、于定国，唐称戴胄。盖由其处心公正，议法平恕，狱以无冤，故流芳后世。今命尔为大理寺卿，当推情定法，毋为深文，务求明允，使刑必当罪。庶几可方古人，不负命也。”
但是大理寺既受到刑部和都察院的掣肘，又受到其他部院和内阁的压力，在这种情况之下，大理寺想要独立、公正的处理案件，显然是不可能的，这点朱载坖一直就很清楚，所谓大理寺的复核权，很多时候反倒成为了朝廷各派政治势力加以斗法的工具，所以朱载坖认为，首先应该加强大理寺的权力。
在和太子以及阁部重臣们商量之后，朱载坖认为应该将大理寺升格为正二品衙门，和刑部、都察院一致，当然升为正二品衙门的大理寺自然就不能叫大理寺了，而是改称大理院。
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