咸丰十年（1860年），英法联军兵临北京，咸丰帝仓皇逃往热河，由于精神惶恐和沉湎酒色，健康急剧恶化。至咸丰十一年七月，他自知不久人世，于十七日召集群臣立下遗诏：立皇长子载淳为皇太子，命载垣、端华、肃顺等八人为“赞襄政务王大臣”，总揽朝政；同时将“御赏”印赐给皇后钮祜禄氏，“同道堂”印赐给皇太子（由其生母懿贵妃叶赫那拉氏代管），规定一切谕旨需加盖两印方能生效。
咸丰帝试图以“八大臣辅政”与“两宫印信制衡”来达到权力的平衡，却未料这一安排反而激化了矛盾。八大臣以“辅政”为名，轻视两宫太后，尤其忌惮叶赫那拉氏的政治野心。肃顺曾公开扬言：“妇人不得干政，乃祖宗家法！”（《清代野史》）而叶赫那拉氏则敏锐察觉到，若任由八大臣专权，自己与年幼的皇帝将沦为傀儡。
叶赫那拉氏深知，仅凭两宫太后的身份难以撼动八大臣，必须寻找外援。此时，被排除在辅政集团之外的恭亲王奕欣，成了最佳人选。奕欣因与咸丰帝早年有隙，未获顾命之职，心怀不满；且他在与英法联军议和中展现出的能力，已成为清廷中颇具实力的政治力量。
咸丰十一年八月初一，奕欣以“奔丧”为名抵达热河。按八大臣规定，亲王见太后需有大臣陪同，叶赫那拉氏却设法让奕欣单独进入内宫。据《热河密札》记载，两人在烟波致爽殿东暖阁密谈约两小时，“屏退左右，言及肃顺等专擅，相对泣下”，最终达成共识：奕欣负责在京联络文武百官、争取外国势力支持，两宫太后则在热河设法拖延，伺机回京后发动政变。
为掩人耳目，双方以“叩谒梓宫”为名多次接触，通过太监安德海传递密信。叶赫那拉氏还暗中拉拢了对肃顺不满的兵部侍郎胜保、蒙古亲王僧格林沁，为政变积蓄军事力量。
咸丰十一年九月二十三日，咸丰帝灵柩启程回京。叶赫那拉氏以“皇帝年幼，经不起长途颠簸”为由，与钮祜禄氏携载淳先行，于二十九日抵达北京，比灵柩早四天入城。这四天的时间差，成为政变成功的关键。
十月一日，奕欣率文武百官在德胜门迎接两宫太后，随即密商部署。次日凌晨，胜保率亲兵包围了八大臣在京的府邸。当载垣、端华等人上朝途经紫禁城景运门时，被早已等候的奕欣拦下，出示两宫太后的谕旨：“载垣等朋比为奸，专擅跋扈，着即革职拿问！”（《清穆宗实录》）载垣厉声反驳：“我辈受先帝顾命，太后无权革我等职！”奕欣回应：“太后有皇帝密诏，你敢抗旨？”随即命人将其拿下。
此时，肃顺正护送灵柩行至密云，亦被提前埋伏的醇郡王奕譞捕获。据《檐檐曝杂记》记载，肃顺被抓时“方拥二妾卧于帐中，猝不及防，骂声不绝”，最终与载垣、端华一同被押入宗人府狱。
十月六日，两宫太后以皇帝名义发布谕旨，历数八大臣罪状，将载垣、端华赐死，肃顺“斩立决”，其余五人或革职流放，或降职调用。这场不流血的政变，因发生在辛酉年（1861年），史称“辛酉政变”，又称“祺祥政变”（因八大臣曾拟定新年号为“祺祥”）。
政变后，清廷改元“同治”，寓意“两宫太后共同治理”。十一月一日，慈安太后（钮祜禄氏）与慈禧太后（叶赫那拉氏）在紫禁城养心殿正式垂帘听政，恭亲王奕欣被任命为议政王，掌管军机处与总理衙门。这一格局的确立，标志着慈禧太后开始登上权力舞台的中心。
《清史稿·后妃传》记载：“是时，孝贞（慈安）性宽和，事多决于孝钦（慈禧）。”慈禧凭借敏锐的政治嗅觉与强硬手腕，逐步架空了奕欣，巩固了自身权力。而“垂帘听政”这一打破祖制的做法，虽在初期稳定了动荡的政局，为洋务运动的开展提供了条件，却也开启了晚清太后干政的先例，深刻影响了此后半个世纪的中国历史。
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