原生生物界门下纲：
原生生物中SAR超群之不等鞭毛门：
不等鞭毛门（heterokontophyta 或 Stramenopiles）是一个多样化的类群，包含光合作用和非光合作用的原生生物。其分类体系可能因研究进展而调整，但目前公认的主要纲如下：
1. 光合作用的纲（含叶绿体，通常为藻类）
硅藻纲（bacillariophyceae）
单细胞或群体，细胞壁由硅质壳组成，海洋和淡水生态系统中重要初级生产者。
金藻纲（chrysophyceae）
多数为淡水种类，部分具硅质鳞片或鞭毛，如金藻（Golden algae）。
黄藻纲（xanthophyceae）
淡水和潮湿土壤中常见，色素以叶绿素c和β胡萝卜素为主（如黄绿藻）。
褐藻纲（phaeophyceae）
大型多细胞海藻（如海带、昆布），含岩藻黄素，是重要的海洋生态系统组成。
定鞭藻纲（prymnesiophyceae 或 haptophyceae）
部分分类系统将其归入独立门，但传统属于不等鞭毛类，如颗石藻（coccolithophores）。
针胞藻纲（Raphidophyceae）
淡水或海洋种类，部分有毒（如赤潮生物）。
2. 非光合作用的纲（无叶绿体）
卵菌纲（oomycetes）
类似真菌但亲缘关系远，包括植物病原体（如马铃薯晚疫病菌 phytophthora）。
丝壶菌纲（hyphochytriomycetes）
寄生或腐生，菌丝体简单，与卵菌近缘。
蛙片菌纲（bicosoecida）
自由生活的单细胞鞭毛虫，通常附着在基质上。
伪真菌纲（Labyrinthulomycetes）
包括网黏菌（Labyrinthula）和破囊壶菌（thraustochytrium），部分产生omega3脂肪酸。
领鞭毛虫纲（choanoflagellida，部分分类归入此处）
与动物界近缘，但形态学上曾归为不等鞭毛类。
其他争议或小纲
pelagophyceae（浮游藻类，如褐胞藻）
Eustigmatophyceae（淡水或土壤中的微藻）
dictyochophyceae（硅鞭藻类，部分为化石种类）
注意事项
分类可能因分子系统学研究更新（如部分类群被重新划分）。
非光合作用的类群（如卵菌）曾长期被误认为真菌，现通过基因证据归入不等鞭毛门。
囊泡虫门（Alveolata）包括三个主要亚门：甲藻亚门（dinoflagellata）、顶复亚门（Apiplexa） 和 纤毛虫亚门（ciliophora）。以下是各亚门的主要纲的分类（基于当前主流分类系统，可能因研究进展有所调整）：
1. 甲藻亚门（dinoflagellata）
甲藻多为单细胞，部分具光合作用（如共生甲藻 Symbiodinium），部分为异养或寄生。主要纲包括：
光合型甲藻（dinophyceae 及相关类群）
dinophyceae（甲藻纲）
典型甲藻，含叶绿素a\/c，如夜光藻（Noctiluca）、多甲藻（peridinium）。
包括许多赤潮生物（如 Alexandrium、Karenia）。
Syndiniophyceae（共甲藻纲）
寄生性甲藻，无叶绿体，如 Amoebophrya（感染其他甲藻）。
非光合型甲藻
Noctiluciphyceae（夜光藻纲）
异养型，如 Noctiluca scintillans（生物发光种类）。
blastodiniphyceae（芽甲藻纲）
寄生在海洋无脊椎动物体内，如 blastodinium。
2. 顶复亚门（Apiplexa）
顶复类全部为寄生生物，具顶复合体结构（用于入侵宿主细胞）。主要纲包括：
传统分类
conoidasida（锥状体纲）
coccidia（球虫纲）
细胞内寄生，如 Eimeria（禽类球虫）、toxoplasma gondii（弓形虫）。
haemosporidia（血孢子虫纲）
由吸血昆虫传播，如 plasmodium（疟原虫）、babesia（巴贝虫）。
Aconoidasida（无锥体纲）
无顶复合体锥状结构，如 piroplasmida（焦虫纲，包括 theileria）。
其他（近年调整）
Gregarinia（簇虫纲）
寄生在无脊椎动物肠道，如 Gregarina。
cryptosporidiidae（隐孢子虫科，有时独立分类）
如 cryptosporidium parvum（人类腹泻病原体）。
3. 纤毛虫亚门（ciliophora）
纤毛虫以纤毛运动，具大核和小核，种类繁多。主要纲（基于分子系统学调整）：
传统分类（部分已调整）
Karyorelictea（核残纲）
大核不分裂，如 Loxodes（淡水种类）。
heterotrichea（异毛纲）
纤毛复杂，如 Stentor（喇叭虫）、blepharisma（赭纤虫）。
Spirotrichea（旋毛纲）
包括：
oligotrichida（寡毛目）（如 Strombidium）
hypotrichida（下毛目）（如 Euplotes、oxytricha）
choreotrichida（游毛目）（浮游种类，如 tintinnidium）
Litostomatea（裸口纲）
胞口无复杂结构，如 didinium（掠食草履虫）、balantidium coli（人体寄生种类）。
phyllopharyngea（叶咽纲）
具叶状咽部，如 chilodonella（鱼类寄生虫）。
Nassophorea（篮口纲）
如 Nassula（摄食蓝藻）。
oligohymenophorea（寡膜纲）
包括：
hymenostomatida（膜口目）（如 tetrahymena）
peritrichida（缘毛目）（如 Vorticella、钟虫）
Apostomatida（离口目）（寄生甲壳动物）
prostomatea（前口纲）
胞口位于前端，如 coleps。
分子系统学新分类
近年研究将纤毛虫分为 postciliodesmatophora（如异毛纲、核残纲）和 Intramacronucleata（其他大部分类群），但传统纲级分类仍广泛使用。
有孔虫门（Foraminifera）是一类具有钙质或有机质外壳（壳室）的海洋原生生物，广泛分布于现代和古代海洋沉积物中。根据壳质结构、形态和分子系统学研究，其分类体系不断更新。以下是目前公认的主要纲（class）和重要亚类群：
1. 传统形态分类（基于壳质成分和结构）
(1) 有机质壳纲（Allogromiida \/ Allogromiia）
壳质类型：有机质（蛋白质或多糖），无矿物质。
代表：Allogromia（原始有孔虫）。
生态：浅海或淡水环境。
(2) 胶结壳纲（textulariida \/ textularia）
壳质类型：胶结颗粒（如砂粒、矿物碎片）黏合而成。
代表：textularia、trochammina。
生态：常见于潮间带至深海。
(3) 钙质微孔壳纲（Fusulinida?）
壳质类型：钙质（方解石），壳室复杂，已灭绝。
代表：Fusulina（石炭纪二叠纪标准化石）。
生态：古生代海洋。
(4) 钙质透明壳纲（Globothalamea）
壳质类型：透明钙质（方解石），多房室。
亚纲\/目：
Rotaliida（轮虫目）：如 Ammonia、Elphidium（潮间带常见）。
Globigerinida（抱球虫目）：浮游种类，如 Globigerina（深海沉积重要组分）。
(5) 钙质不透明壳纲（tubothalamea）
壳质类型：不透明钙质（文石或高镁方解石）。
亚纲\/目：
miliolida（粟米虫目）：如 quinqueloculina、Sorites（热带浅海常见）。
2. 分子系统学新分类（21世纪更新）
近年分子研究表明，传统形态分类需调整，目前主流分为 2个主要纲：
(1) 球房虫纲（Globothalamea）
包含 Rotaliida、Globigerinida 等，壳多为透明钙质
典型代表：Globigerinoides（全球大洋浮游种）。
(2) 管房虫纲（tubothalamea）
包含 miliolida，壳为不透明钙质（文石）。
典型代表：peneroplis（珊瑚礁共生种）。
3. 其他重要类群
monothalamea（单房室纲）：
单室壳，如 Astrammina（胶结壳）和 Gromia（争议归属，部分归入Rhizaria）。
xenophyophorea（巨型深海有孔虫）：
深海沉积物中的巨型种类（可达20cm），分类地位尚不明确。
4. 生态与地质意义
现代生态：底栖（90%）、浮游（如抱球虫），部分与珊瑚共生。
化石记录：从寒武纪延续至今，是石油勘探的生物地层标志（如 Fusulina、Nummulites）。
争议与待定类群
“Nodosariida”（节房虫目）：传统归入tubothalamea，但分子证据可能需重组。
“Lagenida”：部分学者视为独立目，壳为单列房室。
放射虫门（Radiolaria）是一类具有硅质骨架或有机质骨架的海洋浮游原生生物，属于SAR超类群中的囊泡虫类近缘分支（与有孔虫同属根足虫总门）。其分类体系复杂，传统上分为 2大类（基于骨架形态和细胞结构），现代分子系统学进一步细化。以下是目前公认的主要纲（class）和重要类群：
1. 传统形态分类（两大纲）
(1) 多囊虫纲（polycystinea）
特征：硅质骨架呈网格状、放射对称，细胞质分中央囊（central capsule）和外质层。
主要目\/亚纲：
Spumellaria（泡沫虫目）
骨架球形或放射对称，如 Actinomma、hexastylus（常见于深海沉积物）。
Nassellaria（罩笼虫目）
骨架呈钟形或锥形，具极轴（如 cyrtocapsella、Eucyrtidium）。
collodaria（胶体虫目）
骨架退化或缺失，形成胶状群体（如 collozoum）。
(2) 稀孔虫纲（phaeodarea \/ phaeodaria）
特征：骨架由有机质（二氧化硅+蛋白质）构成，中央囊具暗囊（phaeodium）。
代表：Aulacantha、tuscarora（深海种类）。
注：分子证据显示其可能不属于放射虫，需重新归类。
2. 分子系统学新分类（21世纪调整）
近年研究将放射虫分为 3个独立纲（部分类群被移出）：
(1) 多囊虫纲（polycystinea）
保留传统Spumellaria、Nassellaria和collodaria。
分子标记：18S rRNA支持其单系性。
(2) 稀孔虫纲（phaeodarea）?
可能属于cercozoa（丝足虫类），非真正放射虫。
(3) 棘刺虫纲（Acantharea）
特征：骨架由硫酸锶（SrSo?）构成，星状或放射对称。
代表：Acanthometra、Lithoptera。
生态：热带海洋浮游，光合共生（与定鞭藻共生）。
3. 其他争议类群
taxopodida（列足虫）：如 Sticholonche，曾归入放射虫，现属heliozoa（太阳虫类）。
phaeogromida：稀孔虫的亚类，分类地位未定。
4. 生态与地质意义
现代分布：热带大洋浮游，深度米（光合共生）或深海。
化石记录：从寒武纪延续至今，硅质骨架构成放射虫软泥（深海沉积物）。
古气候指标：如 cyrtocapsella 用于重建古海洋温度。
丝足虫门（cercozoa）是一大类形态多样的原生生物，属于 SAR超类群 中的 根足虫类（Rhizaria）。它们以 丝状伪足（filopodia） 为特征，广泛分布于淡水、海洋和土壤环境。根据分子系统学和形态学，cercozoa 的分类体系近年变化较大，以下是当前公认的主要 纲（class） 和重要类群：
1. 核心分类（基于分子系统学）
(1) 丝足纲（Filosa）
特征：具细长丝状伪足，无硬质骨架。
主要亚纲\/目：
Imbricatea（覆瓦纲）
部分种类具有机鳞片，如 Euglypha（淡水种类，壳由硅质鳞片组成）。
thecofilosea（鞘丝纲）
具有机或硅质外壳，如 tectofilosida（海洋底栖）。
Ventrifilosa（腹丝纲）
伪足从细胞腹侧伸出，如 Vampyrellida（“吸血鬼变形虫”，寄生藻类）。
(2) 内生粘菌纲（Endomyxa）
特征：部分类群为寄生或腐生，伪足较短。
主要目：
plasmodiophorida（根肿菌目）
植物病原菌，如 plasmodiophora brassicae（甘蓝根肿病）。
phytomyxea（植粘菌目）
寄生藻类或植物，如 phagomyxa。
2. 其他重要类群（部分归属未定）
(3) 网足虫纲（Granofilosea）
特征：具颗粒状伪足，部分种类形成网状结构。
代表：Leucodictyon（海洋种类）。
(4) 太阳虫纲（heliomonadida \/ heliomonads）
特征：具放射状伪足，曾归类于太阳虫（heliozoa），现归入cercozoa。
代表：heliomonas。
(5) 拟辐足纲（proteomyxidea）
特征：伪足形态介于丝足虫和变形虫之间。
代表：pseudospora（寄生藻类）。
(6) 原壳虫纲（chlorarachniophyceae）
特征：含叶绿体（二次内共生获得），伪足发达。
代表：chlorarachnion（海洋光合种类）。
3. 争议类群
phaeodarea（稀孔虫）：传统归入放射虫，分子证据支持其属于cercozoa。
Gromiida（格罗米虫）：部分学者归入cercozoa，但可能属于有孔虫近缘类群。
4. 生态与演化意义
多样性：从自由生活（如 Euglypha）到寄生（如根肿菌）。
生态功能：海洋沉积物中的重要微生物捕食者，部分参与碳循环。
演化地位：与 有孔虫（Foraminifera） 和 放射虫（Radiolaria） 同属 Rhizaria，但伪足结构更简单。
原生生物中古虫界之眼虫门：
眼虫门（Euglenozoa）是一大类具有显着运动特征的鞭毛虫类原生生物，广泛分布于淡水、海水及寄生环境中。其分类基于形态、超微结构及分子系统学，目前主要包括 4个主要纲，部分类群仍存在争议。以下是当前公认的分类体系：
1. 核心分类（基于分子系统学）
(1) 眼虫纲（Euglenida \/ Euglenophyceae）
特征：
具 12根鞭毛，部分种类含叶绿体（二次内共生获得，如 Euglena）。
细胞表面具 螺旋状条纹（pellicle），可变形运动。
主要类群：
光合型（光自养）：
Euglena（眼虫，淡水常见）、phacus（扁眼虫）。
异养型（吞噬或腐生）：
peranema（无叶绿体，捕食细菌）、heteronema。
寄生型：
Astasia（类似眼虫但无色，寄生或腐生）。
(2) 动基体纲（Kinetoplastea）
特征：
具 动基体（kinetoplast）（线粒体dNA高度浓缩）。
鞭毛基部有 副鞭毛体（paraxial rod）。
主要类群：
自由生活：
bodo（淡水或海洋，捕食细菌）。
寄生重要病原体：
trypanosoma（锥虫，如 t. brucei 致非洲昏睡病）。
Leishmania（利什曼原虫，致黑热病）。
(3) 双鞭毛纲（diplonemea）
特征：
具 两条不等长鞭毛，线粒体嵴呈 盘状。
海洋浮游或寄生。
代表：
diplonema、Rhynchopus（寄生鱼类或无脊椎动物）。
(4) 副基体纲（postgaardea）
特征：
鞭毛系统高度特化，细胞后端具 “尾部”结构。
深海或极端环境分布。
代表：
postgaardi（深海沉积物中发现）。
2. 争议或待定类群
Symbiontida（共生虫纲）：
与双壳类动物共生的鞭毛虫，可能属于Euglenozoa基部类群。
hemistasia：
无叶绿体，分类地位未定，曾归入Euglenida或独立分支。
3. 生态与医学意义
光合贡献：淡水中的 Euglena 是初级生产者。
病原体：
trypanosoma 和 Leishmania 是重要人类寄生虫。
trypanosoma cruzi 致南美恰加斯病。
生物指示：Euglena 用于水质监测（富营养化指标）。
后滴门（metamonada）是一类缺乏典型线粒体的厌氧性原生生物，主要生活在低氧或厌氧环境（如动物肠道、淡水沉积物）。它们的运动通常依赖多鞭毛或轴杆（axostyle）结构，并通过氢化酶体（hydrogenosome）代替线粒体进行能量代谢。根据分子系统学和超微结构特征，后滴门目前分为 3个主要纲，部分类群的分类仍在调整中。以下是详细分类：
1. 核心分类（基于分子系统学）
(1) 双滴虫纲（diplomonadida）
特征：
双核结构（两个细胞核对称排列）。
具 4对鞭毛（8根），无高尔基体和线粒体。
通过氢化酶体代谢。
代表类群：
Giardia（贾第虫）：人类肠道寄生虫，致贾第虫病（如 G. lamblia）。
Spironucleus：寄生鱼类，致“旋核病”。
(2) 副基体纲（parabasalia \/ parabasala）
特征：
具 轴杆（axostyle）（微管组成的支撑结构）。
鞭毛数量多（通常4根以上），部分种类有副基纤维（parabasal fibers）。
含氢化酶体。
主要目\/亚纲：
trichomonadida（毛滴虫目）：
trichomonas vaginalis（阴道毛滴虫）：性传播病原体。
trichonympha：白蚁肠道共生，协助纤维素消化。
hypermastigida（超鞭毛目）：
鞭毛极多（数百根），如 mixotricha（与白蚁共生）。
(3) 锐滴虫纲（carpediemonadida）
特征：
单核，具 2根鞭毛（一根向前，一根向后）。
自由生活于淡水或海洋沉积物。
代表：
carpediemonas：无寄生性，形态简单。
2. 争议或待定类群
Retortamonadida（曲滴虫纲）：
曾归入后滴门，现部分研究认为其更接近 异鞭毛门（heterolobosea）。
代表：Retortamonas（寄生蛙类肠道）。
Anaeramoebidae：
无鞭毛的厌氧变形虫状生物，分类地位未定。
3. 生态与医学意义
寄生与共生：
Giardia 和 trichomonas 是重要人类病原体。
trichonympha 等与白蚁\/蟑螂共生，协助木质素分解。
演化意义：
后滴门是真核生物早期分支（Excavata超类群），保留原始特征（如无典型线粒体）。
副基体门（parabasalia或parabasala）是一类厌氧性原生生物，主要特征是具有氢化酶体（代替线粒体）、轴杆（axostyle）以及副基纤维（parabasal fibers）。它们通常具有多鞭毛，许多种类是共生或寄生的，生活在动物肠道或生殖道等厌氧环境中。
副基体门（parabasalia）的主要纲
目前，副基体门主要分为 2个纲，基于鞭毛数量、超微结构和分子系统学：
1. 毛滴虫纲（trichomonadea）
特征：
通常有 4~6根鞭毛（1根后鞭毛，其余前鞭毛）。
具有副基纤维（parabasal fibers），支持鞭毛运动。
轴杆（axostyle）明显，由微管束组成，贯穿细胞。
主要类群：
毛滴虫目（trichomonadida）：
trichomonas vaginalis（阴道毛滴虫）——人类性传播病原体。
trichomonas gallinae（禽毛滴虫）——感染鸟类口腔和消化道。
dientamoeba fragilis（双核阿米巴，部分研究归入此类）——人类肠道寄生虫。
单毛滴虫目（monoceronadida）：
monoceronas——寄生爬行动物肠道。
2. 超鞭毛纲（hypermastigia \/ hypermastigea）
特征：
鞭毛数量极多（数十至数百根），呈螺旋或簇状排列。
细胞较大，通常与白蚁或蟑螂共生，帮助消化纤维素。
无典型的副基纤维，但仍有氢化酶体。
主要类群：
旋毛滴虫目（Spirotrichonymphida）：
Spirotrichonympha——白蚁肠道共生。
多鞭毛目（polymastigida）：
mixotricha paradoxa（混合鞭毛虫）——白蚁共生，依赖细菌辅助运动。
冠滴虫目（Lophomonadida）：
Lophomonas——蟑螂肠道共生。
争议或待定类群
cristamonadea（冠滴虫类）：
部分学者将其归入hypermastigia，但分子研究表明可能独立成纲。
代表：devescovina（白蚁共生）。
trichonymphida（毛滴虫目近缘类群）：
部分研究认为应单独分类。
生态与医学意义
共生关系：
超鞭毛纲种类帮助白蚁\/蟑螂分解木质纤维素。
人类病原体：
trichomonas vaginalis 是全球最常见的性传播寄生虫之一。
dientamoeba fragilis 可能导致人类腹泻。
异鞭毛门（heterolobosea）是一类形态多样的自由生活或寄生原生生物，以 变形虫态（amoeboid）与鞭毛态（flagellate）交替存在 为主要特征，部分种类可在厌氧环境中生存。其分类基于形态、超微结构及分子系统学，目前主要包括 3个主要纲，部分类群仍存在争议。以下是当前公认的分类体系：
1. 核心分类（基于分子系统学）
(1) 裂核纲（Schizopyrenida \/ Vahlkampfiidae）
特征：
生活史含 变形虫态（无鞭毛）和鞭毛态（2根鞭毛）。
细胞核分裂方式特殊（核内纺锤体）。
部分种类可形成抗性包裹（cyst）。
主要类群：
自由生活：
Naegleria（耐格里虫）：
N. fowleri（福氏耐格里虫）——致原发性阿米巴脑膜脑炎（pAm）。
N. gruberi（格鲁伯耐格里虫）——非致病模式生物。
Vahlkampfia（瓦氏变形虫）——淡水\/土壤常见。
寄生或兼性寄生：
tetramitus——部分种类寄生鱼类或两栖类。
(2) 咽膜纲（percolomonadida）
特征：
鞭毛态为主，具 腹侧“咽膜（percobasal body）” 结构。
无典型变形虫态，但可形成伪足。
代表类群：
percolomonas——淡水或海洋沉积物中的异养鞭毛虫。
(3) 尖毛纲（Acrasida）
特征：
黏菌样生活史：变形虫态可聚集形成子实体（fruiting body）。
与真菌黏菌（myxomycetes）趋同演化，但无亲缘关系。
代表：
Acrasis——土壤中的腐生性黏菌样原生生物。
2. 争议或待定类群
psalteriomonadida：
具单鞭毛的厌氧种类，部分研究归入异鞭毛门，但分类地位未定。
代表：psalteriomonas（淡水沉积物）。
Gruberellidae：
形态介于裂核纲与咽膜纲之间，可能独立成纲。
3. 生态与医学意义
病原体：
Naegleria fowleri 是致命性脑炎病原体（接触污染水体感染）。
生态角色：
自由生活种类（如 Vahlkampfia）是土壤\/淡水微生物群落的重要成员。
演化意义：
异鞭毛门与眼虫门（Euglenozoa）同属 discoba超类群，代表早期真核生物分支。
贾第虫门（metamonada）是一个厌氧性原生生物类群，其成员通常缺乏典型的线粒体，依赖氢化酶体（hydrogenosomes）或有丝分裂相关体（mitosomes）进行能量代谢。贾第虫门主要包括 3个主要纲，其中 双滴虫纲（diplomonadida） 包含着名的 贾第虫（Giardia），这也是该门名称的来源。
贾第虫门（metamonada）的主要纲
1. 双滴虫纲（diplomonadida）
特征：
双核结构（两个细胞核对称排列）。
通常有 4对鞭毛（8根），但无高尔基体和典型线粒体。
通过氢化酶体进行厌氧代谢。
主要类群：
Giardia（贾第虫）：
G. lamblia（蓝氏贾第虫）——人类肠道寄生虫，致贾第虫病（腹泻）。
G. muris（鼠贾第虫）——啮齿类寄生虫。
Spironucleus（旋核虫）：
S. salmonis——鱼类寄生虫，致“旋核虫病”。
hexamita（六鞭虫）：
h. inflata——鸟类和鱼类肠道共生或致病。
2. 副基体纲（parabasalia \/ parabasala）
特征：
具 轴杆（axostyle）（微管组成的支撑结构）。
鞭毛数量较多（4根以上），部分种类有副基纤维（parabasal fibers）。
含氢化酶体，部分种类与动物共生或寄生。
主要类群：
trichomonas（毛滴虫）：
t. vaginalis（阴道毛滴虫）——人类性传播病原体。
t. gallinae（禽毛滴虫）——鸟类致病。
trichonympha（毛滴虫样共生体）：
白蚁肠道共生，协助纤维素消化。
3. 锐滴虫纲（carpediemonadida）
特征：
单核，具 2根鞭毛（1根向前，1根向后）。
自由生活于淡水或海洋沉积物，无寄生性。
代表类群：
carpediemonas（锐滴虫）——形态简单，无致病性。
争议或待定类群
Retortamonadida（曲滴虫纲）：
曾归入贾第虫门，但部分研究认为其更接近 异鞭毛门（heterolobosea）。
代表：Retortamonas（蛙类肠道寄生虫）。
Anaeramoebidae（厌氧阿米巴类）：
无鞭毛的厌氧变形虫，分类地位未定。
生态与医学意义
人类病原体：
Giardia lamblia 是全球常见的腹泻病原体（水源传播）。
trichomonas vaginalis 是性传播疾病（滴虫病）的病原体。
共生关系：
trichonympha 等与白蚁共生，协助木质素分解。
原生生物中变形虫类之裸变形虫门：
裸变形虫门（Amoebozoa）是一大类伪足运动的原生生物，包括自由生活、寄生及黏菌样（多细胞聚集）种类。根据最新的分子系统学研究，裸变形虫门主要分为 2个亚门 和 多个纲，以下是详细分类：
裸变形虫门（Amoebozoa）的主要分类
1. 叶足亚门（Lobosa）
特征：具 叶状伪足（lobopodia），无鞭毛期，单核或多核。
1. 裸变纲（Amoebaea \/ tubulinea）
特征：典型变形虫运动，伪足呈圆柱状。
代表类群：
Amoeba（变形虫）——如 A. proteus（大变形虫）。
chaos（多核变形虫）——如 c. carolinense。
dictyostelium（盘基网柄菌）——黏菌样，研究细胞分化的模式生物。
2. 棘变纲（Acanthopodida \/ discosea）
特征：扁平体态，伪足短而宽（扇形或片状）。
代表类群：
Acanthamoeba（棘阿米巴）——
A. castellanii（卡氏棘阿米巴）——可致角膜炎和脑炎。
Vannella（扇形变形虫）——淡水常见。
3. 鳞变纲（Flabellinea）
特征：体薄如片，伪足呈扇形扩展。
代表：
Flabellula——海洋沉积物中的扁平变形虫。
2. 锥足亚门（conosa）
特征：伪足细长（丝状或锥形），部分类群有鞭毛期或黏菌样生活史。
4. 黏菌纲（mycetozoa \/ Eumycetozoa）
特征：多细胞聚集形成子实体（黏菌）。
主要类群：
盘基黏菌目（dictyosteliida）——如 dictyostelium（社会性黏菌）。
原柱黏菌目（protosteliida）——简单子实体，如 protostelium。
绒泡黏菌目（physarida）——如 physarum（绒泡菌），研究智能行为的模式生物。
5. 原变纲（Archamoebea）
特征：厌氧生活，无典型线粒体（含氢化酶体）。
代表：
Entamoeba（内阿米巴）——
E. histolytica（痢疾阿米巴）——致阿米巴痢疾和肝脓肿。
mastigamoeba（鞭毛变形虫）——具短暂鞭毛期。
6. 细变纲（Vampyrellida）
特征：伪足细长如丝，部分为寄生性。
代表：
Vampyrella（吸血鬼变形虫）——穿透藻类细胞壁吸食内容物。
争议或待定类群
cutosea：
具坚硬表膜的海洋变形虫，分类地位未完全确定。
himatismenida：
如 cochliopodium（螺足虫），可能独立成纲。
生态与医学意义
病原体：
Entamoeba histolytica（痢疾阿米巴）——全球第二大寄生虫致死病因。
Acanthamoeba——致角膜炎（隐形眼镜使用者高风险）。
生态角色：
自由生活种类是土壤和水体中的关键微生物捕食者。
科研模型：
dictyostelium 和 physarum 用于研究细胞分化及生物计算。
原生生物中原生藻类之灰藻门：
在原生生物分类系统中，“灰藻门”（Glaucophyta）是一个独立的小门，属于原始色素体生物（Archaeplastida），与红藻门（Rhodophyta）和绿色植物（Viridiplantae）共同构成光合真核生物的早期分支。灰藻门因其独特的蓝藻内共生体（蓝小体，cyanelles）而着名，保留了类似蓝细菌的细胞壁结构（含肽聚糖）。
灰藻门（Glaucophyta）的分类
灰藻门物种稀少，目前仅确认 1个纲 和 少数几个属，具体如下：
1. 灰藻纲（Glaucophyceae）
特征：
含有蓝小体（cyanelles），其光合作用器类似蓝细菌，但受宿主调控。
细胞壁含肽聚糖（与蓝细菌类似，区别于其他真核藻类）。
无鞭毛（少数物种游动阶段具临时鞭毛）。
下属目与代表属：
1. 灰藻目（Glaucocystales）
灰藻属（Glaucocystis）：淡水生，群体或单细胞，如 Glaucocystis nostochinearum。
蓝胞藻属（cyanophora）：游动单细胞，如 cyanophora paradoxa（模式生物）。
2. 未定目（可能的新类群）
Glauonas：近年发现的微小游动种类。
灰藻门的系统学地位
演化意义：灰藻是研究内共生理论的关键类群，其蓝小体保留了部分蓝细菌特征（如肽聚糖壁），但基因组已显着缩减。
生态分布：主要生活在淡水环境（湖泊、溪流），罕见。
红藻门（Rhodophyta）的分类
红藻门（Rhodophyta）是一类无鞭毛、光合真核生物，属于原始色素体生物（Archaeplastida），与灰藻门（Glaucophyta）和绿色植物（Viridiplantae）共同构成光合真核生物的早期分支。红藻主要分布在海洋环境，少数生活在淡水或潮湿陆地。
红藻门的分类（截至最新研究）
红藻门传统上分为 2个亚门（部分系统学修订可能调整），包含 7个纲，具体如下：
1. 原红藻亚门（protoflorideae \/ cyanidiophytina）
特征：最原始的红藻，单细胞或简单多细胞，适应极端环境（如温泉、酸性水域）。
（1） 红球藻纲（cyanidiophyceae）
代表属：
cyanidioschyzon（红球藻，研究细胞周期的模式生物）
cyanidium（嗜酸热泉红藻）
Galdieria（耐高温、重金属污染）
2. 真红藻亚门（Eurhodophytina）
特征：大多数红藻属于此亚门，包括单细胞、丝状、叶状及钙化种类。
（2） 紫菜纲（bangiophyceae）
特征：简单多细胞或单细胞，部分具经济价值。
代表属：
porphyra（紫菜，如 porphyra yezoensis，用于制作“海苔”）
bangia（红毛菜）
（3） 真红藻纲（Florideophyceae）
特征：复杂多细胞结构，具三阶段生活史（配子体、果孢子体、孢子体），多数海洋种类。
主要目及代表：
石花菜目（Gelidiales）：Gelidium（石花菜，用于提取琼脂）
江蓠目（Gracilariales）：Gracilaria（江蓠，食用及工业用）
珊瑚藻目（corallinales）：corallina（钙化红藻，形成珊瑚礁）
红皮藻目（Rhodymeniales）：Rhodymenia（红皮藻）
（4） 复球藻纲（psopogonophyceae）
特征：淡水或半咸水红藻，细胞壁含特殊多糖。
代表属：psopogon（复球藻）
（5） 红枝藻纲（Rhodellophyceae）
特征：单细胞或简单多细胞，部分种类具鞭毛（罕见）。
代表属：Rhodella
（6） 隐红藻纲（Stylonematophyceae）
特征：微小丝状或单细胞，部分寄生或共生。
代表属：Stylonema
（7） 拟红藻纲（porphyridiophyceae）
特征：单细胞或群体，无细胞壁或具胶质鞘。
代表属：porphyridium（用于生物燃料研究）
原生生物中opisthokonta基础类群之领鞭毛虫门：
领鞭毛虫门（choanoflagellata）的分类
领鞭毛虫门（choanoflagellata）是一类单细胞或群体的原生生物，属于后鞭毛生物（opisthokonta），与动物界（Animalia）和真菌界（Fungi）亲缘关系密切。它们是研究动物起源的关键类群，因其形态与海绵动物的领细胞（choanocytes）高度相似。
领鞭毛虫门的分类（最新系统）
领鞭毛虫门目前分为 3个纲，依据细胞结构、生活方式和分子系统发育划分：
1. 领鞭毛虫纲（choanoflagellatea \/ craspedida）
特征：
单细胞或简单群体，具一圈微绒毛（领状结构） + 1根鞭毛。
自由生活，淡水或海洋环境。
主要目及代表属：
领鞭毛虫目（choanoflagellida）
monosiga（单领鞭毛虫，模式生物）
Salpingoeca（管领鞭毛虫，具胶质鞘）
proterospongia（群体领鞭毛虫，类似海绵胚胎）
2. 阿坎托鞭毛纲（Acanthoecida）
特征：
细胞外覆硅质或有机质鳞片\/篮状结构（lorica）。
海洋为主，部分附着藻类或碎屑。
代表属：
Acanthoeca（具刺状鳞片）
diaphanoeca（透明篮状结构）
Stephanoeca（冠状领鞭毛虫）
3. 原领鞭毛纲（proteromonadida，争议类群）
特征：
部分种类寄生或共生，鞭毛基体结构特殊。
分类地位未完全确定，可能独立于领鞭毛虫门。
代表属：
proteromonas（肠道共生鞭毛虫）
核形虫门（Nucleariida）的分类
核形虫门（Nucleariida）是一类无鞭毛、变形虫状的原生生物，属于后鞭毛生物（opisthokonta），与真菌界（Fungi）亲缘关系极近，是研究真菌起源的重要类群。核形虫通常生活在淡水或潮湿土壤中，以吞噬细菌或有机物为生。
核形虫门的分类（最新系统）
核形虫门目前仅包含 1个纲，但根据分子系统学可能进一步细分：
1. 核形虫纲（Nucleariida）
特征：
无细胞壁，依靠伪足（丝状或叶状）运动与摄食。
细胞核显着，线粒体具扁平嵴（类似真菌）。
自由生活，部分种类可能共生或寄生。
主要属：
Nuclearia（模式属，淡水变形虫状）
Nuclearia thermophila（耐高温种类）
Nuclearia delicatula（常见于淡水）
Fonticula（群体黏菌样，形成子实体）
Fonticula alba（研究多细胞演化的模型）
鱼孢菌门（Ichthyosporea）的分类
鱼孢菌门（Ichthyosporea，或称 mesomycetozoea）是一类寄生或共生的后鞭毛生物（opisthokonta），介于动物界（Animalia）和真菌界（Fungi）之间，主要感染鱼类、两栖类和无脊椎动物。
鱼孢菌门的分类（最新系统）
目前，鱼孢菌门分为 2个纲，依据宿主类型、生活史和分子系统发育划分：
1. 鱼孢菌纲（Ichthyophonida）
特征：
专性寄生，主要感染鱼类（如鲑鱼、鳕鱼），引起“鱼孢菌病”（Ichthyophoniasis）。
生活史复杂，包括多核变形体（plasmodium）和厚壁孢子阶段。
代表属：
Ichthyophonus（模式属，如 Ichthyophonus hoferi，危害渔业）
creolimax（感染海洋无脊椎动物）
2. 外毛菌纲（Eccrinida）
特征：
寄生在甲壳类、昆虫和环节动物的肠道或体表。
细胞壁含几丁质（类似真菌），但营养方式为吸收式而非吞噬。
代表属：
Amoebidium（寄生水蚤，形成孢子链）
Enterobryus（感染昆虫肠道）
原生生物中其他重要门类之定鞭藻门：
定鞭藻门（haptophyta）的分类
定鞭藻门（haptophyta）是一类光合作用的单细胞藻类，广泛分布于海洋和淡水生态系统中，是海洋初级生产力的重要贡献者。其最显着的特征是具有一种独特的鞭毛附属结构——定鞭丝（haptonema），可用于捕食或附着。
定鞭藻门的分类（最新系统）
目前，定鞭藻门分为 2个纲，依据色素组成、细胞结构和分子系统发育划分：
1. 钙板金藻纲（coccolithophyceae \/ prymnesiophyceae）
特征：
具钙质鳞片（颗石，coccoliths），部分种类大量繁殖可形成“颗石藻软泥”（白垩的主要来源）。
含叶绿素 a、c 和类胡萝卜素 fucoxanthin（呈金褐色）。
生态重要性：碳循环关键物种（如 Emiliania huxleyi 影响全球气候）。
主要目及代表属：
颗石藻目（coccolithales）
Emiliania（赫氏颗石藻，全球分布）
Gephyrocapsa（桥石藻，海洋浮游优势种）
定鞭藻目（prymnesiales）
prymnesium（定鞭藻，部分种类产毒素“鱼腥藻毒素”）
chrysochromulina（金环藻，可形成赤潮）
2. 帕夫藻纲（pavlovophyceae）
特征：
无颗石，细胞形态多样（卵形、长形等）。
定鞭丝较短或退化，运动能力较弱。
多为淡水或半咸水种类，生态角色较隐蔽。
代表属：
pavlova（模式属，具两条不等长鞭毛）
diacronema（淡水种类，附生生活）
隐藻门（cryptophyta）的分类
隐藻门（cryptophyta）是一类单细胞、具双鞭毛的藻类，主要分布在淡水环境，少数为海洋种类。其最显着的特征是含有特殊的色素复合体（叶绿素a\/c? +藻胆蛋白），并具有独特的淀粉储存结构。
隐藻门的分类（最新系统）
目前，隐藻门分为 2个纲，依据色素组成、细胞结构和分子系统学划分：
1. 隐藻纲（cryptophyceae）
特征：
具双鞭毛（通常不等长），细胞前端有口沟（furrow）结构。
色素包括叶绿素a、c?和藻胆蛋白（phycobiliproteins），使细胞呈现蓝绿色、红褐色或橄榄色。
具有类核体（nucleomorph），是次级内共生的遗迹（源自红藻）。
主要目及代表属：
隐藻目（cryptomonadales）
cryptomonas（模式属，常见淡水种）
Rhodomonas（含藻红素，呈红色）
蓝隐藻目（Goniomonadales）
Goniomonas（无色素，异养型）
2. 凯特藻纲（Kathablepharidophyceae）
特征：
无色素，异养生活，通过吞噬细菌或其他微生物获取营养。
细胞前端具独特的捕食结构（如微管束）。
曾被认为是独立类群，现归入隐藻门。
代表属：
Kathablepharis（淡水或海洋，捕食小型藻类）
Leucocryptos（海洋异养型）
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