青霉素工坊的标准化生产渐入佳境，通商银行的贷款如涓涓细流滋润着各方，铁路的轰鸣也已融入日常。然而，当这些新生的系统开始相互交织、试图协同运作时，一种更深层次、更为复杂的困境，如同水下的暗礁，接连浮现。
第一重困局，源自青霉素产量的提升与原料供应之间的尖锐矛盾。随着标准化生产的稳定，工坊的日产剂量终于突破了百剂大关，并且质量可靠。太医院联合观察点的成功案例不断积累，军方也开始按协议提走他们那份产量，用于边军伤患的救治。需求，如同决堤的洪水，汹涌而来。
然而，生产青霉素的核心原料之一——品质稳定、杂质极少的麦麸和玉米浆（用于培养基），其供应却开始捉襟见肘。以往小规模生产时，尚可依靠格物院自行采购或太医院协调少量官仓存粮。如今产量大增，所需的粮食原料已非小数，立刻触动了帝国最敏感的那根神经——漕粮。
这一日，户部一位负责漕粮仓储的主事，拿着青霉素工坊新提交的大额采购单，直接找到了顾炎成，面带难色：“顾议员，非是下官刁难。只是工坊所需之麦麸、玉米，数目巨大，若尽数从漕粮中拨付，恐影响京师官仓储备，万一遇有灾荒或边情紧急，下官担待不起啊！此事，需有内阁或司礼监的明确批文方可。”
顾炎成心知肚明，这并非单纯的程序问题。漕运系统与仓储体系，本身就是盘根错节的利益渊薮，任何大规模的资源调动，都会牵动无数神经。都察院李守俊闻风而动，立刻上奏，将此事与“国本”挂钩：“陛下！格物院妄耗粮秣，以养无名之霉菌，若致仓廪空虚，京师震动，孰之过耶？昔年王安石行市易法，犹不敢轻动国仓，今有人之胆大妄为，更甚于安石！”
第二重困局，则出现在通商银行的贷款流转上。那几家受惠于“特别周转贷”的江宁商号，在渡过危机后，确实依约还款，信誉良好。通商银行借此东风，试图扩大试点，向另外几家为龙江工坊提供零配件的小型铁器工坊发放了小额贷款。然而，这一次却出了问题。
一家铁器工坊的东主，在拿到贷款后，并未全部用于购置生铁、支付匠人薪俸，反而暗中挪用了部分款项，用于偿还其之前欠下某家私人钱庄的高利贷。此事被都察院的耳目查知，李守俊如获至宝，立刻以“官贷监管不力，资金遭挪用，与民争利反损国帑”为由，发动了猛烈抨击。尽管通商银行迅速追回了大部分款项，并取消了与该工坊的合作，但此事造成的恶劣影响已然扩散。反对金融改革的声音再次高涨，要求收缩甚至取消通商银行试点权限的奏章雪片般飞向内阁。
“看吧！官贷之弊，显露无疑！吏胥如何能细查商贾之心？此等纰漏，日后只会更多！” 李守俊在朝会上痛心疾首，仿佛已然看到了国库被蛀空的未来。
第三重困局，更为隐蔽，却同样致命。南京至麒麟门铁路的日常化运营，在带来便利的同时，也悄然改变了沿线部分村落的经济生态。依靠在官道旁开设茶棚、脚店为生的百姓，生意一落千丈。以往需要步行或乘车马大半天才能抵达的路程，如今火车半个时辰即到，旅客不再需要在中途歇脚。一些原本在码头、驿站靠扛活为生的力夫，也因部分货物转由铁路运输而失去了活计。
这些失去生计的百姓，不敢明着反对朝廷大力推行的铁路，但怨气却在暗中积累。他们不再是当初被谣言煽动、不明所以的乡民，而是切切实实的利益受损者。这股力量，比单纯的恐惧更为持久，也更容易被别有用心者利用。苏州的苏有德便敏锐地察觉到了这一点，暗中派人联络这些失意者，给予些许小恩小惠，试图将他们塑造为“新政受害者”的代表，积蓄着未来发难的力量。
王贞仪同时面对着这三重困局，感到一种前所未有的心力交瘁。原料短缺，卡住了救命良药扩产的喉咙；金融试点受挫，动摇了来之不易的资金血脉；铁路引发的民生问题，则埋下了社会动荡的引线。这些问题环环相扣，牵一发而动全身。
她召集李仲景、顾炎成、郑森以及通商银行的主事，紧急商议对策。
“原料之事，可否寻漕运之外的途径？”王贞仪问。
郑森沉吟道：“或可尝试从湖广等地，经长江水运采购部分，避开漕粮体系。但如此一来，成本增加，且稳定性未必能保障。”
“金融监管必须加强，”通商银行主事擦着汗，“可仿效议会审计之法，对申贷工坊的账目进行更严格的核查，并派员不定期巡视款项用途。”
顾炎成叹道：“此法虽好，然人手、精力何来？且易被抨击为‘官府扰商’。”
“至于铁路沿线民生，”王贞仪目光凝重，“此非一日之功。或可请议会考虑，从铁路运营收益中，提取部分设立‘转业扶助基金’，资助沿线受影响百姓学习新技能，或迁往他处谋生。但此举需慎之又慎，否则易被误解为朝廷认错，引发更多非议。”
每一项对策，都伴随着新的困难和潜在的非议。他们仿佛陷入了一张无形的大网，每一次挣扎，都可能被缠绕得更紧。
林川在紫金山别院，听着徐承烈详细汇报这三重连锁困局，久久不语。他走到窗前，望着远处依稀可见的南京城轮廓。他知道，这是科技复兴必然要经历的“系统整合阵痛期”。单个技术或制度的突破，如同造出了精良的零件，但要将这些零件组装成一台能够顺畅运转的庞大机器，并融入旧有的社会机体，其间需要解决的接口、润滑、摩擦问题，远比制造零件本身更为复杂和棘手。
他回到书案前，提笔写下：“见木更需见林。诸事纷纭，其本在人、在利、在制。当以统筹之策，解连环之困。可试设‘新政协调会’，聚各方之智，通盘考量，利弊共担。” 他意识到，是时候推动建立一个超越单个部门、能够进行顶层设计和利益协调的机制了。否则，这些相互关联的困局，足以让所有孤军奋战的努力付诸东流。
微光虽已渐燃，但要想照亮整个前路，必须有能力驱散这弥漫在系统之间的重重迷雾。挑战，已从单点突破，转向了更为艰巨的系统集成。
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